استخرها باید از نظر بهداشتی به طور دائم کنترل شوند. عفونت معمولا در محیط استخرهای آلوده به راحتی قابل انتقال است.

عفونت‌های میکروبی که عامل ایجاد بیماری زرد زخم هستند، از جمله عوارض استفاده از استخرهای آلوده است. اگر استخر فیلتر نداشته باشد، پوسته‌های بدن فرد، وارد محیط آبی شده و در داخل آب باقی می‌ماند. این ذرات معلق پوست، میکروب‌ها را منتقل می‌کنند. زرد زخم نیز از این طریق ایجاد می‌شود.

زگیل از جمله بیماری‌های ویروسی است و افرادی که داخل آب شده و پوستشان در آب خیس می‌خورد و با کف استخر اصطکاک پیدا می‌کند، باعث باقی ماندن ویروس در آن مکان و در نتیجه ابتلای سایر افراد می‌شوند. تمیز نگه داشتن کف استخر و پا کردن دمپایی به هنگام راه رفتن در استخر در کاهش ابتلا به این عارضه موثر است.

یک ضایعه ویروسی دیگر به نام مولوسکوم است که یک ضایعه ویروسی بوده و می‌تواند از طریق محیط آلوده آب استخرها منتقل شود. مولوسکوم در ابتدا به صورت ضایعات کوچک قرمز یا سفید رنگ مشاهده می‌شود که سپس به ضایعات سفید رنگ مرواریدی تبدیل می‌شوند و در بدن و بیشتر در دست، تنه و پشت پراکنده می‌شوند.

قارچ بیشتر در بدن افراد ورزشکار مشاهده می‌شود و میان انگشتان پا رشد می‌کند؛ اما می‌تواند در نواحی دیگر بدن نیز رشد کرده و فرد را با مشکل روبرو کند. زمان که فرد وارد استخر می‌شود، اگر دچار بیماری قارچی باشد، این قارچ در محیط باقی مانده و رشد می‌کند.

شپش و گال نیز از جمله دیگر بیماری‌های قابل انتقال در این محیط‌ها است و باید توجه کرد که کلاه‌های شنا تمام سطح مو را بپوشاند تا این بیماری‌ها از طریق موی آلوده منتقل نشوند.

پا کردن دمپایی در استخر، پوشاندن کامل موها، حفظ محیط بهداشتی استخرها و غلظت کلر در آب توسط مسئولان استخر مهم‌ترین اقدامات در جلوگیری از انتقال بیماری‌های عفونی پوستی نامبرده هستند.

کلر نیز می‌تواند موجب ایجاد حساسیت شود، خشکی و قرمزی پوست، قرمزی چشم‌ها و خارش آن از جمله علائم این حساسیت هستند.

بهتر است افراد پس از استخر دوش بگیرند و اگر بدنشان خشک است، آن را مرطوب کنند؛ چرا که افرادی که پوست خشک دارند با ورود به استخرها و با کاهش میزان چربی ،این عارضه پوستی در بدن‌شان تشدید می‌شود.